종교인소득 과세는 지난 1968년 처음 논의된 이후, 2013년 정부가 법안을 국회에 제출해 2년여 간의 논의를 거쳐 2015년 입법되고, 2년 유예 후 오는
2018년 1월 1일 시행 예정된 제도이다.
다만, 법 시행을 앞두고 종교인 과세 시행을 위한 준비 부족과 종교활동 위축 우려 등을 들어 시행을 다시 유예해야 한다는 의견이 제기됐었다.
또, 세무조사의 경우에도 지난 2015년 통과된 ‘소득세법‘상 종교단체의 장부·서류 중 종교인소득과 관련된 부분에 한해 조사·제출을 명할 수 있도록 규정돼 있으나, 종교단체 장부에는 종교인에게 지급한 금액과 종교 활동과 관련된 지출이 혼재돼 종교인소득에 한정해 조사하는 것이 어렵다는 우려가 제기됐었다.
이에 정부는 종교계 지도자 예방(부총리) 등 종교계와의 지속적인 소통을 통해 보완방안을 마련해 지난 11월 30일 ‘소득세법시행령‘ 개정안을 입법예고한 바 있다.
그러나 입법예고 과정에서 종교활동비 비과세 및 종교단체회계에 대한 세무조사 제한이 일반 납세자와 형평이 맞지 않다는 의견이 많이 제기 됐으며 검토결과, 종교활동비는 개인의 생활비가 아닌 주로 자선·사회적 약자 구제 및 교리 연구 등 종교 본연의 활동에 사용되는 비용이라는 측면을 감안해 비과세를 유지하되 “신고 등 납세협력의무”는 일반 납세자와 유사한 수준이 되도록 종교인소득 중 비과세소득인 종교활동비 지급액도 신고(지급명세서 제출)는 하게 하는 수정안을 마련했다.
다만, 종교단체회계에 대한 세무조사는 종교인소득에 한해 조사하도록 규정한 소득세법의 취지를 감안해 당초 입법예고안을 유지하기로 했다.
정부는 이번 시행령 개정 및 수정안은 정부 수립 이후 처음 도입된 종교인소득 과세의 원활한 시행을 위한 필요ㆍ최소한의 보완방안으로서 종교인소득 과세 필요성이 처음 제기된 지 50년 만에 과세의 첫 걸음을 뗀다는 점에 큰 의의가 있는 만큼, 원활히 시행될 수 있도록 종교계와 국민들의 이해와 협조를 당부드린다고 전했다.
아울러, 오는 2018년 2월부터 과세당국은 납세절차 불편 및 세무조사 관련 애로사항 청취·해소를 위해 “종교계와의 협의체”를 구성·운영해 종교인소득 과세 시행 이후에도 개선방안을 지속 논의해 보완해 나갈 예정이다.